石河子拥有国家西部大开发重点支持和国家211工程重点建设高校：石河子大学，以及新疆农垦科学院等39个各类科研机构。
石河子大学
石河子大学位于新疆天山北麓被誉为戈壁明珠的石河子市， 1996年4月，由农业部部属的石河子农学院、石河子医学院、兵团师范专科学校和兵团经济专科学校合并组建，是国家“211工程”重点建设高校和国家西部重点建设高校，现由教育部和新疆生产建设兵团共建。教育部指定北京大学、华东理工大学对口支援石河子大学，浙江大学、天津大学、华中科技大学、西北农林科技大学、江南大学、四川农业大学等高校对石河子大学实施援疆学科建设计划。
石河子职业技术学院
石河子职业技术学院、石河子市技工学校实行两块牌子一套班子。石河子职业技术学院是2004年11月经自治区人民政府批准，教育部备案的一所高等职业技术学院。由石河子市原职工大学、商业职工中专学校、职业中专学校三所学校合并组建而成，是教育部和建设部授予的“建设行业高新紧缺人才培训基地”，是自治区纺织工程实训基地。
石河子广播电视大学
石河子广播电视大学成立于1982年，由新疆电大石河子市分校，兵团电大农八师分校，清华大学远程教育石河子学习中心三部分组成，实行统一管理，一体化分类招生，形成了普通大中专、成人大中专、本科以及研究生教育等多层次学历教育和多种非学历教育并举的办学格局。 石河子电大地处石河子市文化教育区，环境优雅，学习氛围浓郁，校园占地27863平方米，建筑面积12000平方米，专兼职教师150余名，在校生4500余名。学校在垦区农牧团场和企事业单位设有14个教学工作站。
新疆石河子工程技术学校
新疆石河子工程技术学校（原新疆农垦中专学校）是兵团教委直属的一所 以工科为主，兼有文、农、管等学科的综合性中等专业学校，始建于1976年，前身为石河子农业机械化学校，隶属于石河子地区。1984年划为兵团教委领导，日常工作由兵团教委直接管理。1986年经新疆维吾尔自治区人民政府批准更名为现名。学校连年被石河子市评为精神文明单位。1986年被兵团评为文明学校；1999年被兵团精神文明办评为兵团级精神文明单位；2000年6月被国家教育部授予“全国德育工作先进集体”称号；2002年3月学校被国家教育部、财政部确定为“国家重点建设示范性中等职业学校”；“国家重点建设示范性中等职业学校”；2002年12月被国家教育和财政部列为国家重点建设示范性中等职业学校；2004年初被国家教育部确定为国家重点中等职业学校。
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