初平元年(190)，董卓挟持献帝，迁都长安，自为太师，号曰“尚父”。他把从洛阳等地搜刮来的金银财宝和粮食积藏在郿坞，大封亲戚为官，“并列朝廷”，声势显赫。他大肆屠杀异已，“法令苛酷，爱憎淫刑，更相被诬，冤死者千数”，弄得“百姓嗷嗷，道路以目”。
初平三年(192)四月，司徒王允与司隶校尉黄琬、仆射士孙瑞密谋诛董卓。当时吕布是董卓的保镖，二人誓为父子。但吕布曾因小事未合董卓意，险些被董卓用手戟刺死。吕布不满，便参与了王允的密谋。这时献帝生病刚好，在未央殿大会群臣。吕布派骑都尉李肃带领亲兵十余人，装扮成卫士模样，守住宫门，等董卓入门之后，一拥而上。董卓被刺伤，堕落车下。他大声喊叫：“吕布何在，快来救我！”吕布应声喝道：“有诏令讨贼臣董卓！”举矛将重卓刺死，接着又杀死几个董卓的亲信。吕布向吏士们大声宣布：“诏书只讨董卓，余皆不问！”于是吏士们都站立不动，高呼万岁。长安城中老百姓听到董卓被杀的消息之后，十分高兴，纷纷歌舞于道，咸相庆贺。
董卓被暴尸于市。以王允录尚书事，吕布为奋威将军，共秉朝政。