官署名。洪武十三年(公元1380年)，改大都督府为中、左、右、前、后五军都督府，每府置左、右都督、都督同知、都督佥事。分领全国卫所，掌兵籍和军政。但军队征调权属兵部。

明代中央军事机构。朱元璋由参加农民军而成为军事统帅，最后又依仗自己所掌握的军事力量取得全国统治。所以，他十分重视军队的建设，尤其不忘对军队的控制。明初设大都府于京城(今江苏南京)，任命自己亲侄朱文正为大都督，是全国最高军事长官，统领全国都司、卫所的军队。洪武十三年(1380)，朱元璋为了集中军权，把大都督府一分为五，设左、右、中、前、后五军都督府。各都督府分别管领所属的都司、卫所。各府的长官为左、右都督，掌管府事。都督府和兵部互相配合，又互相牵制。都督府只管军籍、军政，没有指挥和统率军队的权力；兵部虽有颁发军令、铨选军官之权，却不能直接指挥和统率军队。遇有战事，由皇帝作出决定，兵部颁发调兵命令，军事统帅由皇帝亲自任命，然后统率从各卫所调集的军队作战。战事完毕，军归卫所，主帅还印。总指挥权和统帅任命权操在皇帝之手，而军籍、军政的管理和军队的调拨、指挥权分离开了，将不专军，军不私将。这样，可以避免悍将跋扈、骄兵叛变的现象，增强封建王朝对全国的统治。明成祖即位，亲率大军攻打元朝残余势力，又在北平(今北京)设行在五军都督府，掌管北征军事。迁都北平后，去“行在”二字，成为中央军事机构，改原五军都督府为南京都督府，无实权。