明成祖为了巩固北部边防，把政治中心和军事中心结合起来，决定从南京迁都北平(今北京)。从永乐四年(公元1406年)起，明朝政府对元大都进行大规模改建，征集了全国优秀工匠和百万民工，建造皇城、皇宫。布局以皇宫为中心，以正阳门——午门——钟楼为轴线，四周为住宅和商业区。皇城周长十八里，皇城之外是周长四十五里的京城。永乐十八年，基本建成。永乐十九年正月，正式迁都，并改北平为北京。

明成祖朱棣把都城自南京迁往北京。北平为朱棣藩地，辽、金、元旧都，是北方政治、经济中心。北方边境常遭蒙古贵族袭拢，需加强边防，北平做都城，可以加强防御力量。所以明成祖于永乐元年(1403)决定迁都北平，改北平为北京。为此疏通了京杭大运河，解决漕运。永乐四年(1406)，开始重修宫殿，改建北京。永乐十八年(1420)竣工，第二年，迁都北京。改南京为留都，官僚机构设施等与北京同，皇帝派一亲信守备，掌留守、防卫事宜，以保护运河通航和加强对南方人民统治。