虽置三公，事归台阁 

光武鉴于前代皇帝失权的经验教训，为加强中央集权，他采取了一系列措施，而加强尚书台的权力，削弱三公的权力，便是其重要措施之一。东汉初年，中央最高的官职是三公，就是大司徒、大司空和大司马。大司徒由丞相改称，负责民政，权力比原丞相小，大司空由御史大夫改称，不再负责监察，而是管重大水土工程。大司马负责军事。至建武二十七年(51)，大司徒、大司空皆去“大”字，称司徒、司空，改大司马为太尉。此后至汉末，均以太尉、司徒、司空为三公，其位序亦如上列。三公职位虽高，却无旧日权力。光武将权力集中于尚书台，尚书台则直接听命于皇帝。正如仲长统所言：“光武皇帝愠数世之失权，忿强臣之窃命，矫枉过直，政不任下，虽置三公，事归台阁。自此以来，三公之职，备员而已。然政有不理，犹加谴责。”(《后汉书·仲长统传》)加强尚书台的权力，从汉武帝时开始，光武即位后，便着手扩大尚书台组织，尚书令秩别由六百石提高到千石，另设尚书仆射一人为副，秩六百石。下设六曹：改常侍曹为吏部曹，以主选举祠祀事；二千石曹，主辞讼事；民曹，主缮修功作盐池园苑事；客曹，主护驾及羌胡朝贺事；三公曹，主岁尽考课诸州郡事；并增中都官曹，主水火盗贼事，合尚书令、尚书仆射二人谓之八座尚书。又设左右丞各一人，四百石，掌录文书期会，凡台中纪纲，无所不统，左丞主吏民章服(报)及驺伯史，右丞假署印绶，及纸笔墨诸财用库藏。侍郎三十六人，四百石，每曹六人，主作文书起草。令史十八人(后增至二十一人)，主书。自此以后，尚书台遂为法定之机关，政治之中枢，众务皆归尚书，尚书出纳王命，敷奏万机。故凡政令之所宣，选举之所定，罪赏之所由正，无不总之。正如李固之所言：“今陛下之有尚书，犹天之有北斗也。斗为天喉舌，尚书亦为陛下喉舌。斗酙酌元气，运平四时。尚书出纳王命，赋政四海，权尊势重，责之所归。”(《后汉书·李固传》)至此，尚书台已成决策及发号施令的机关，三公、九卿只受成事。若三公或大将军等要直接参与中枢决策，必须加以“录尚书事”的头街。尚书台的官员，一般都地位低下，以便皇帝可以直接掌握，任意指使。但是，皇权的加强和三公权力削弱，在东汉后期皇帝幼弱昏庸的条件下，却导致了外戚宦官的挟主专权，终于使国家动乱，东汉灭亡，这恐怕是光武所始料未及的。