元朝灭亡以后，蒙古分成三大部：漠北是喀尔喀部，又叫外蒙；漠南是内蒙；漠西是厄鲁特部。厄鲁特部，明朝称为“瓦刺”，正统年间(1436—1449)，其汗王也先，曾发动土木之变，俘获过明英宗。也先死后，厄鲁特部又分为四部：以乌鲁木齐为中心的和硕特部，以额尔齐斯为中心的杜尔纳特部，以雅尔(塔尔巴哈台)为中心的土尔扈特部，以伊犁为中心的准噶尔部。
准噶尔部逐渐强大起来，明末，把和硕特部赶到青海、西藏一带，把土尔扈特部逼迁到伏尔加河流域去了。康熙十年(1671)，在西藏当小喇嘛的准噶尔部首领巴图尔浑台吉小儿子噶尔丹，赶回伊犁，杀了嗣位的索诺木阿拉布坦，自立为汗，派兵征服了新疆维吾尔族，并多次通使俄国，与俄国取得联系，企图进一步入侵外蒙古。在俄国的指使下，于康熙二十七年(1688)越过杭爱山脉，袭击了土谢图汗察珲多尔济父子，掠夺活佛哲卜尊丹巴胡图克图的财产，堵塞了清廷去外蒙的使团去路。康熙二十八年(1689)他驻兵克鲁伦河，欲侵漠南蒙古。康熙二十九年(1690)七月，噶尔丹越过呼伦湖，掠夺了内蒙古，还袭击了尚书阿尔尼率领的蒙古兵。康熙屡次谕噶尔丹，要他敛兵，噶尔丹不听，乃于同年八月亲征噶尔丹。由福全一路出古北口，常宁一路出喜峰口，康熙亲率一路至博洛河。福全一路被噶尔丹打败，乘胜进至乌兰布通(今赤峰市)，将兵数万，依林阻水列阵。又大批骆驼捆绑连结成阵称为“驼城”。康熙帝命杰书率部进兵归化堵住噶尔归路，一面命大军隔河列阵，用大炮猛轰“驼城”，敌阵被截为二，清兵乘势猛攻，“驼城”反而成了噶丹军败逃的障碍。噶尔丹大败，逃到科布多，只剩下几千人。为了逃命，他派一个喇嘛去清军假意投降，施缓兵计，才得以逃脱。