火车站：现有南京站、中华门站、南京南站、六合站、江浦站、仙林站6个客运站，南京东站1个编组站，南京西站货站、中华门站货站2个货运站。

    目前，京沪高铁、沪宁高铁、京沪铁路、宁芜铁路（南京-芜湖）、宁启铁路、宁西铁路（南京-西安）以及宁合铁路（南京-合肥）交汇于南京，使南京成为连接华北、华东和华中的重要铁路交通枢纽。南京南站为京沪高速铁路的重要中转站和始发站，成为南京重要的交通门户以及华东地区的重要交通枢纽。　

    城际铁路：京沪高铁，沪宁城际高速铁路均已正式开通，目前已经开工建设的城际铁路有宁杭、宁安铁路（南京-安庆）

    南京工业企业铁路专用线：金陵石化专用（准轨）铁路等

    南京地方铁路：南京钢铁集团厂矿窄轨铁路、江南水泥厂窄轨铁路等