怎样规划行程首先当然是要看你自己的需求
——是想远观富士山的雄姿？什么样的雄姿？搭配城市？湖泊？还是大海？还是群山？每一种场景，你将去的地方都不一样。
——是想“不识富士真面目，只缘身在此山中”？要不要爬山？爬到哪？从哪爬？爬完以后去哪？每一条路线，你将做的日程都不一样。
——季节是你自己选，还是你只能在固定的某个假期前往？首先，每个季节能去的地方不一样，你会想去的地方也不一样。这些都是计划之前要考虑的，并且直接影响计划的问题。
除此之外，实际旅游中对一个兴趣点的计划，更重要的是你将从什么方向通过什么方式前往这个点，然后往哪个方向通过什么方式继续你的行程。
比如你第是第一次去日本，就是想看看富士山，并不打算爬，从东京前往，之后继续向西去大阪，那么我会建议从箱根开始，走静冈县内的路线：
day 0 箱根温泉
day 1 大观山、芦之湖
day 2 沼津渔港、御殿场outlets买买买
day 3 富士本宫浅间大社、继续前往大阪
如果你只是往返东京，那么可能去河口湖周边更合适：
day 1 河口湖、周边温泉
day 2 富士急乐园（真正的恐怖乐园）
day 3 乘巴士经由Subaru Line到五合目（风景也很不错），下来后还可以再折腾点去看看鸣泽风穴冰穴和青木原树海（所谓的自杀森林）
如果你从大阪名古屋方向往东来到富士山脚，可以从富士宫市开始，即“富士山西线”
day 1 富士本宫浅间大社、白丝瀑布、雾降高原、田贯湖
day 2 本栖湖、精进湖、西湖(门票)、鸣泽地区、周边温泉（就那么几个，去了你就知道了）
day 3 河口湖、（富士急）
day 4 去往东京
以上只是随手拈来的一点参考，谈不上计划，但是这个问题问的是“如何做计划”，而不是“有哪些现成的计划”，并且说真的，拿别人现成的计划，和报团又有什么区别。
搞清楚自己想得到什么，这是旅行计划的主观参考。
关于季节：
春天的樱花要等到4月中下旬，海拔越高的地方越晚，3月去是绝对会扑空的；
夏天7、8月可以登顶，山上人多，周边其他景点人也多，做好心理准备，另外这个时候的富士山是没有雪顶的，不怎么好看；
秋天是最推荐的季节，除了不能登顶之外，没有任何道路封锁、人也较少、气候宜人，最重要的是秋高气爽，从远处看到富士山的几率较高、红叶非常不错、泡温泉也合适；
冬天会出现下雪导致行动不便的情况。但是天气晴朗时，能看到富士山的几率是最高的；冬天从东京等非常远的地方也能看到富士山。想拍富士山的好照片，冬天是最好的时候，当然，你得忍者严寒守在某个湖边才行。
关于气候和能见度：
登山的话一定要有较厚的装备和登山鞋。一般的运动鞋也不是不可以，但是真的会很难受。氧气瓶其实没有必要，除非你高原反应真的特别严重，连云南都去不了。“好不容易到了却看不到富士山”，其实这种几率还蛮高的，毕竟除了冬天，有时就算是天晴，山里的水汽往往都会让富士山藏起来。一般情况下，从富士山南边较平坦的地区是较为容易看到富士山的，西边东边北边的山地里就够呛了。根据个人经验，富士周围几个湖里看到富士山几率从高到低为：田贯湖、精进湖、本栖湖、西湖、河口湖、山中湖、芦之湖。芦之湖去10次有8次都看不到，山中湖10次有6次看不到。
关于登山：其他答案写得非常详细，都可以参考。只不过报团的话一般会安排住宿山小屋什么的，一般会消耗一天甚至更多时间，而如果自己去，又对体力比较有自信，可以像我一样头天傍晚开始爬，中间不住宿，自带干粮（其实山上也都有卖的，不过半夜就都关门了），天黑莓多久其实就能到八合目了，然后和周围人聊聊天打发时间，登顶看日出，上午11点之前就能下来。
关于住宿：如果你是从中国来，日本又没有朋友带着，啥都别说了，直接http://booking.com或whatever吧。
关于吃：河口湖山中湖什么的，周围全是各种餐厅，没什么好担心的。比较蛋疼的是上面的“富士山西线”，如果没有车的话可能会有一些不便。
关于交通：所有的公交时刻表都是网上可查的，但是有的地方公交网站只有日语版本。最安全的办法还是乖乖使用铁路交通，但这样的话很多地方就去不了了。我认为比较靠谱的办法是咨询日本的官方旅游机构，比如观光局或者当地景点（要大点的景点）的官网什么的，英文邮件一般都有人回。随地搭车在日本应该是没有用的。
搞清楚当地有什么，这是旅行计划的客观参考。有了上述主观和客观的整理，计划就很好做了。日本又是一个发达程度高、各种东西都很完善的地方，所以接下来全部问找google、看官网就能解决了。
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